El Parque alberga ecosistemas de la región sudoccidental de la provincia fitogeográfica del monte y un pequeño sector marginal del espinal. Dentro del parque se encuentran las sierras de Lihue Calel, este sistema serrano, con orientación NO – SE, alcanza una elevación máxima de 589 metros sobre el nivel del mar en el “Cerro de la Sociedad Científica Argentina”. Las sierras se formaron hace aproximadamente unos 240 millones de años(fines de la era Paleozoica y principios de la Mesozoica) Desde el punto de vista geológico las sierras de Lihue Calel son de origen volcánico o eruptivo, muestran una forma redondeadas y están constituida por una roca similar al granito denominada ignimbrita. Las tonalidades rosadas características de los afloramientos rocosos se deben a la presencia de feldespatos, la roca también contiene cuarzo y mica entre sus principales componentes. Una masa de material en estado líquido y gases ascendió a la superficie, en el proceso de enfriamiento y solidificación el material
fue perdiendo los gases y se aglutinó entre si, dando como resultado las rocas sumamente compactas que constituyen las sierras de Lihue Calel. Pero, burbujas de estos gases quedaron atrapadas y formaron zonas de roca mas blanda. Al erosionarse. Las burbujas originaron las abundantes concavidades que se observan actualmente en las rocas.
Las pendientes son suaves en las laderas orientadas hacia el norte, producto de la intensa erosión eólica que han sufrido, mientras que las laderas opuestas caen de forma abrupta. Entre las serranías existen valles y abras donde existen brechas sueltas recubiertas por suelos húmicos y fértiles, siendo el más importante el Valle de Namuncura.
Las formaciones pedemontanas están constituidas por conglomerados muy heterométricos y brechosos, con cementación calcárea (tosca) en superficie. Los sedimentos superficiales más comunes son arenas finas y limosas que descansan sobre cantos rodados clastos rocosos. El material parental es una arena eólica reciente. Los suelos son incipientes, de profundidad variable y comúnmente presentan un manto calcáreo alrededor del metro de profundidad.
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