La Gran variedad de hábitat y refugios que ofrecen las sierras, permiten la existencia de una mayor diversidad faunística en comparación con las planicies circundantes. Las características de las distintas comunidades vegetales constituyen un factor relevante que determina la abundancia y la distribución de las distintas especies animales.
El Guanaco y la liebre patagónica o mara representan los herbívoros autóctonos mayores. Entre los carnívoros que habitan el área se encuentra el puma, el gato del pajonal, el gato montes y el zorro gris, como así también predadores de menor porte como los zorrinos y hurones. También se pueden observar numerosos roedores, aves, reptiles e insectos.
El parque alberga una de las poblaciones más importantes de guanacos dentro de la provincia. Estos herbívoros hacen uso de distintas comunidades vegetales, y así durante el día utilizan las cimas y los faldeos serranos, ya que allí encuentran las especies vegetales que ellos consumen. Además, las sierras les brindan protección de predadores como el puma, el principal carnívoro del parque. Los valles anchos y los lugares abiertos son utilizados como dormideros y raramente se los encuentra en los jarillales altos y en los valles estrechos y muy profundos.
Las aves registradas en el parque suman 166 especies (incluye observaciones del personal de APN y citas de visitantes), de las cuales 64 (38%) son Residentes, 37 (22%) son Visitantes Estivales, 7 (4%) son Visitantes Invernales, 34 (20%) son Ocasionales (especies que se observan de manera regular en lapsos grandes) y 24 (14%) son Accidentales (especies observada una vez, o varias veces en un lapso corto, o pocas veces con mucho intervalo entre observaciones)
Se debe destacar la presencia de 7 especies críticas, tres amenazadas de extinción a nivel internacional: el cardenal amarillo, el halcón peregrino y el águila coronada, y siete exclusivas de Argentina: Halconcito Gris (Spiziapteryx circumcinctus), Cacholote Pardo (Pseudoseisura gutturalis), Canastero Patagónico (Asthenes patagonica), Gallito Arena (Teledromas fuscus), Monjita Castaña (Neoxolmis rubetra), Yal Carbonero (Phrygilus carbonarius) y Monterita Canela (Poospiza ornata).
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